• Lần đầu tiên từ năm 1976 đến nay, Hoa Kỳ không lọt nổi vào bán kết.
• Botswana lần đầu tiên tham dự nhưng đã thu được thành tích rực rỡ, khi lần đầu tiên tham dự đã đăng quang ngay danh hiệu Hoa hậu Hoàn vũ.

Bỏ cuộc

•  Guam - Hoa hậu Guam 1999, Tisha Elaine Heflin đã phải rút lui vài ngày trước phần thi sơ khảo, sau khi bị phát hiện mang thai.
•  Bulgaria, Hoa hậu Bulgaria 1999, Elena Angelova không thi đấu vì thiếu tài trợ.
•  Na Uy - Henriette Dankertsen
•  România - Cuộc thi Hoa hậu Romania 1999 đã bị hủy bỏ và ban tổ chức của họ đã bỏ giấy phép Hoa hậu Hoàn vũ.
•  Hà Lan và  Zimbabwe - Không cử đại diện do thiếu tài trợ và kinh phí.

Thay thế

•  Barbados - Hoa hậu Barbados 1998, Michelle Selman không dự thi vì lý do không được tiết lộ. Á hậu 1, Olivia Harding thay thế cô.
•  Anh Quốc - Người chiến thắng Hoa hậu Hoàn vũ Vương quốc Anh 1999, Nicki Lane quyết định nhường lại vương miện cho Á hậu 1 Cherie Pisiani, sau khi Lane thú nhận rằng cô đã có con năm 14 tuổi.
•  Philippines - Người chiến thắng Binibining Pilipinas 1999, Janelle Delfin Bautista đã phải từ chức do các vấn đề về quyền công dân giống như người kế nhiệm năm ngoái, bởi vì cô ấy là công dân Mỹ. Binibining Pilipinas World 1999, Miriam Quiambao đảm nhận danh hiệu Binibining Pilipinas Universe.

Chỉ định

•  Honduras - Daryela Sofía Guerrero Canizales, Á hậu tại cuộc thi Hoa hậu Honduras 1998 đã được giám đốc quốc gia lúc bấy giờ là Eduardo Zablah chỉ định đại diện cho Honduras tại Hoa hậu Hoàn vũ 1999, sau khi cuộc thi Hoa hậu Honduras 1999 bị hủy bỏ do hậu quả của cơn bão Mitch từ tháng 11/1998. Trước đó, cô từng đại diện cho La Ceiba tại Miss Honduras 1998 và Miss Teen International 1997.
•  Nicaragua - Liliana Sofía Pilarte Centeno, Á hậu 1 tại cuộc thi Hoa hậu Nicaragua 1998, đã được Viện Du lịch Nicaragua (INTUR) bổ nhiệm là tân Hoa hậu Nicaragua 1999 tại cuộc thi Hoa hậu Hoàn vũ 1999. Sau khi tổ chức tuyên bố rằng không có thời gian và nguồn lực để thực hiện một cuộc thi khác. Vì vậy, Pilarte là nữ hoàng quốc gia trong 2 năm tiếp theo cho đến năm 2001.
•  Tây Ban Nha - Diana Nogueira, Top 12 tại cuộc thi Miss España 1999 được tổ chức của cô chỉ định làm đại diện cho Tây Ban Nha tại Hoa hậu Hoàn vũ 1999, sau khi người chiến thắng Miss España 1999, Lorena Bernal không đủ điều kiện vì chưa đủ tuổi nên đã tham dự Hoa hậu Thế giới 1999. Ngoài ra, Á hậu 1, Carmen Fernández, không thể đi thi Hoa hậu Hoàn vũ vì cha cô ốm nặng và đi thi Hoa hậu Quốc tế 1999, còn Á hậu 2, Inma Nadal phải tham gia Hoa hậu Châu Âu 1999, và tổ chức Hoa hậu España đã quyết định chọn Nogueira là đại diện Tây Ban Nha tại Hoa hậu Hoàn vũ 1999. Cô ấy trước đó đã đại diện cho Pontnticra tại cuộc thi quốc gia.